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第二临床医学院，2003年元月挂牌成立。2003年秋开始承担相应的教学管理职能。从1949年湖北公医学校成立算起,由学院的前辈传承至今,从事临床教学的时间已达55年。1978和1979年开始承担四年制本科教学，1995年开始从事五年制本科教学。2000开始研究生教育，目前已有11人通过硕士毕业论文答辩。临床免疫是三峡大学医学院免疫学省级重点学科的重要研究方向。2003年妇产科学被批准为硕士学位点，2004年正式招生。儿科学硕士点已立项，正在建设之中。
教学办公室：是在第二临床医学院党委和行政领导下,负责教学管理工作的职能部门，其职责范围是：
1、根据党的教育方针、上级有关教育教学改革的文件规定和指示精神，组织实施各专业教学计划，负责全院的教学安排。
2、协助主管院长做好各系、部教学任务的协调工作，检查教学计划的执行情况，负责考试考核有关工作。
3、负责学生思想政治教育、日常学生管理、学籍管理、就业指导等工作。
4、负责临床课程的见习、实习安排、落实工作。做好考试组织工作。
5、组织开展教学研究与教学改革。做好课程建设规划及其课程建设工作。
6、负责教室的使用调配，负责教学质量监控工作。
7、结合教学实际，进行教学检查与教学研究工作。
8、负责教学档案资料的收集、整理、及归档管理，定期归档。
9、协助医学院做好教学基地的建设及其后期临床实习有关教学工作。
10、完成上级领导交办的其它工作。
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